Muchos usuarios cometemos errores a la hora de descargar algun programa y quererlo instalar, sin querer hacerlo crean alias de los archivos, utilizan los programas desde los discos montados en lugar de copiarlos a la carpeta de aplicaciones o bien no pueden descomprimir archivos en la Mac por no saber que programas usar.

Los formatos y tipos de archivo mas usados que se descargan de internet basicamente son (archivo.dmg, archivo.zip, archivo.tar, archivo.sit, archivo.sitx), aunque hay otros, ver el siguiente enlace:
Usar archivos, instalar programas y descomprimir archivos en Mac OS X

Como reparar permisos, (HD+aplicaciones+utilidades+utilidades de disco, seleccionar el HD, reparar permisos)

El proposito que tienen los permisos es prevenir a usuarios y programas no autorizados a dañarlos cambiandolos o dañando los archivos del usuario de la Mac.

Considerar reparar los permisos una vez al mes, con eso ya estas del otro lado y claro, tener las ultimas actualizaciones del sistema instaladas.